Maya ikili hibrid sistemi ile klonlanan muhtemelen yeni bir hücre-içi sinyalizasyon molekülünün karakterizasyonu / Characterization of new intracellular signaling molecule cloned in the yeast two-hybrid system

Abstract

oz YÜKSEK LİSANS TEZİ MAYA İKİLİ Hİ BRİD SİSTEMİ İLE KLONLANAN MUHTEMELEN YENİ BÎR HÜCRE İÇİ SİNYALİZASYON MOLEKÜLÜNÜN KARAKTERİZASYONÜ Lokman VARIŞLI Harran Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. Osman ÇEN Yd: 2005, Sayfa: 68 Bu çalışma, maya ikili hibrid sistemi kullanılarak elde edilen ve IL-5 reseptörü (IL-5R)'nün a alt ünitesi ile bağlantı kuran 1,6 kilobaz çifti uzunluğunda bir cDNA (klon-38)'nın biyoinformatik (biyobilişim) yöntemle karakterizasyonunu ile ilgilidir. Bu klonun Genbankasındaki karşılığı, geninin kromozomal yerleşimi ve yapısı mKNA'lan, oluşturabilecekleri proteinler, bu proteinlerin fiziksel ve kimyasal özellikleri incelendi. Bu proteinlerin hücredeki yerleşimleri, sekonder yapılan ile fonksiyonel domeyn ve motifleri transmembran bölgeleri ve translasyon sonrası geçirebilecekleri modifikasyonlar araştırıldı. Analizler bu klonun 2. kromozom üzerinde yer alan bir gene karşılık geldiği ve bu genin alternatif splising ile dört mRNA kodlayabileceğini göstermektedir. Bu mRNA'lann oluşturabileceği proteinlerin G-proteinlere bağlı reseptör süper ailesine ait olduğu ve ağırlıklı olarak random coil ve alfa heliks sekonder yapısına sahip olabileceği görülmüştür. Topolojik olarak proteinlerin hücre zarını 5-6 sefer geçen transmembran bölgelere sahip olduğu ve fosforilasyon, glikozilasyon ve miristilasyon gibi translasyon sonrası modifikasyonlar geçirebileceği belMenmiştir. Sonuç olarak bu genin G-proteinlere bağlı reseptörleri kodlaması büyük bir olasılık teşkil etmektedir. Böyle bir durumda bu gen ve ürünleri çeşitli terapötik özellik arz edebilecek bir hedef oluşturabilir. Deneysel olarak pBAD plazmidi içerisinde bulunan klon-38 cDNAsı E. coli'ye transforme edilerek antibiyotikli besi ortamında seçildi, palzmid izole edildi ve EcoRI ve Xhol DNA kesim enzimleri ile kesilerek analizi yapıldı. ANAHTAR KELİMELER: Aston, eozinofil, IL5R, biyoinformatik, transformasyon ABSTRACT Master Thesis CHARACTERIZATION OF NEW INTRACELLULAR SIGNALING MOLECULE CLONED IN THE YEAST TWO-HYBRID SYSTEM Lokman VARIŞLI Harran University Graduate School of Natural and Applied Sciences Depertmant of Biology Supervisor: Assist Prof. Dr. Osman ÇEN Year: 2005, Page: 68 This study is on in silico (bioinformatical) characterization of a 1,6 kbp cDNA (clone-38) initially cloned as an IL-5 receptor alpha (IL-5Roc) interaction molecule in the yeast two-hybrid system. Its gene in the Genebank, chromosomal location and gene structure has been defined. The mRNAs expressed from this gene and their open reading frames (ORF) and their protein products, their cellular distribution, seconder structure, and the functional domains were investigated. In addition, the transmembrane regions and the post-translational modifications were also searched. The results show that the gene is located on the human chromosome 2 and predicted to transcribe four alternatively spliced mRNAs. The proteins are predicted to belong to the G-protein coupled receptors. They are mainly in random coil and alpha helix structures transpass the membrane 5-6 times and show some of the post-translational modifications such as phosphorylation, glycosylation, and myristoylation. As a result, it is suspected to be involved in both in IL-5R and G-protein coupled receptor signaling. If so, it may prove to be an important theraputic target Experimentally, the cDNA of clone-38 in pBAD plasmid was transformed into E. coli, selected on media containing ampicillin. Then plasmid was purified and analyzed with the EcoRI and Xhol restriction digesiton. KEY WORDS: Asthma, eosinophil, IL-5R, bioinformatics, transformation 11