FİLOGENETİK AĞAÇ OLUŞTURMADA R PROGRAMI VE CHATGPT KULLANIMININ KARŞILAŞTIRILMASI: SORUNLAR VE ÇÖZÜM ÖNERİLERİ

Abstract

Filogenetik analiz, canlıların evrimsel ilişkilerini ortaya koymak amacıyla kullanılan temel yöntemlerden biridir ve çoğunlukla genetik verilerin incelenmesine dayanmaktadır. Artan veri miktarı, bu analizlerin daha karmaşık ve zaman alıcı hale gelmesine neden olmakta, bu durum ise çeşitli yazılım araçlarının kullanımını zorunlu kılmaktadır. Bu çalışmada, ACE2 gen bölgesi bakımından ortak olan 15 farklı canlıya ait diziler kullanılarak, R programı ve ChatGPT 5.2 yazılımı ile filogenetik analizler gerçekleştirilmiş ve elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma kapsamında hız, verimlilik ve doğruluk ölçütleri değerlendirilmiş; özellikle doğruluk analizi, filogenetik ağaçlar arasındaki topolojik benzerliği ölçmek amacıyla Robinson-Foulds (RF) distance metriği kullanılarak nicel olarak incelenmiştir. Elde edilen bulgular, her iki yöntemin benzer topolojik sonuçlar üretebildiğini (RF = 0) göstermiştir. Bununla birlikte, R programının daha fazla kullanıcı müdahalesi gerektirdiği, ancak analiz kontrolü ve görselleştirme açısından avantaj sağladığı; ChatGPT 5.2’nin ise analiz sürecini hızlandırarak zaman tasarrufu sunduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, her iki yaklaşımın birlikte kullanımı, filogenetik analiz süreçlerinin daha hızlı, etkili ve güvenilir bir şekilde yürütülmesine katkı sağlayabilir.