ŞANLIURFA YÖRESİNDEKİ KEÇİLERDE MİTOKONDRİYAL SİTOKROM B (CYTB) GEN POLİMORFİZMİ VE FİLOGENETİK ANALİZLER

Abstract

Türkiye, yerli hayvan genetik kaynakları açısından zengin genetik çeşitliliğe sahiptir. Türkiye’de sürdürülebilir bir keçi üretimi için yerli keçi gen kaynaklarının ortaya çıkartılması çalışmaları önemlidir. Yerli ırkların genetik yapılarının moleküler bazda tanımlanması, ırklar arası ve ırklar içi genetik farklılıkların incelenmesi gerekir. Evcil keçi (Capra hircus) genomu (2n=60), 29 çift otozomal kromozomu, 2 çift cinsiyet kromozomu ve mitokondriyal genomu içermektedir. Mitokondriyal DNA (mtDNA); filogenetik çalışmalarda moleküler belirteç olarak kullanılmaktadır. Bu araştırmada, Şanlıurfa ili keçilerinin filogenetik ağaçlarının moleküler tekniklerle belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplam genomik DNA izolasyonu için keçilerden kan örnekleri toplandı. DNA numunelerinde, mitokondriyal Sitokrom b (CYTB) gen bölgesini çoğaltmak için ileri ve geri primerler kullanılmıştır. Mitokondriyal CYTB gen bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tekniği kullanılarak amplifiye edildi ve PCR ürünlerinin gen sekansı bilgileri elde edilmiştir. Keçilerde, CYTB gen dizisinde, toplam alan sayısı, G+C oranı, polimorfik bölge sayısı, haplotip sayısı, haplotip çeşitliliği, nükleotid çeşitlilik değerlerine dayanan DNA polimorfizmi 560, 0.407, 81, 13, 1.000±0.0030, 0.03395±0.00434 olarak bulundu. Keçilerde, genetik uzaklık 0.0000-0.0299 arasında değişmektedir. Filogenetik analizlerde; genetik ilişkileri göstermek için UPGMA (Aritmetik Ortalama ile Ağırlıklı Eş Grup Yöntemi) yöntemi ve Kimura-2-parametre modeli kullanılmıştır. Yerli keçilerde moleküler düzeydeki çalışmalara ağırlık verilerek her bölgede yetiştirilen keçiler arasındaki genetik farklılıkların ortaya konulması gerekmektedir.