KÜLTÜR ALABALIKLARINDA (Oncorhynchus mykiss) BAKTERİYEL PATOJENLERİN KONVANSİYONEL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

Abstract

Küresel nüfus artışıyla beraber su ürünlerine yönelik talebin stratejik bir düzeye taşınması, yetiştiricilik süreçlerinde modern tekniklerin entegrasyonunu ve üretim miktarında belirgin bir artışı beraberinde getirmiştir. Ancak üretim kapasitesindeki bu yoğunlaşma, sucul ekosistemlerde biyolojik kontaminasyon risklerini ve patojen baskısını artırarak gıda güvenliği zincirinde kırılmalara yol açabilmektedir. Bu çalışmanın amacını, Karkamış Baraj Gölü’ndeki ağ kafes işletmelerinde mortaliteye neden olan bakteriyel patojenlerin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle (Multipleks PCR) hızlı ve kesin teşhisine yönelik yöntemlerin optimizasyonu ve karşılaştırmalı analizi oluşturmaktadır. Araştırma kapsamında, Şanlıurfa ili Birecik ilçesi sınırlarında bulunan Karkamış Baraj Gölü’nde faaliyet gösteren dört farklı işletmeden (A, B, C, D), hastalık belirtileri göstererek ölen toplam 80 adet gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) örneklendi. Laboratuvara getirilen örneklerden izole edilen bakteriler; koloni morfolojisi, Gram boyama, oksidaz, katalaz, oksidasyon-fermantasyon ve hareket testleri gibi konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemlerle karakterize edildi. Elde edilen izolatların kesin tanımlanması için MALDI-TOF MS (Bruker Biotyper) analizi uygulandı; ayrıca Aeromonas türleri ve Lactococcus garvieae’nin eş zamanlı tespiti için multipleks PCR yöntemi optimize edildi. Bakteriyel izolasyon ve identifikasyon çalışmaları sonucunda toplam 64 adet izolat tanımlandı. Bulgular, bölgedeki alabalık işletmelerinde L. garvieae (15 adet) ve hareketli Aeromonas türlerinin (A. veronii, A. hydrophila, A. sobria, A. ichthiosmia, A. caviae) ekonomik kayıplara yol açan baskın patojenler olduğunu ortaya koymuştur. MALDI-TOF MS analizlerinde Gram-negatif bakterilerde 2.000 ve üzeri skorlarla yüksek güvenilirlikli tanımlama yapılırken, L. garvieae izolatlarında skorların 1.700-2.000 aralığında yoğunlaştığı saptandı. Moleküler tanı sonuçları, geliştirilen multipleks PCR protokolünün hem Aeromonas türlerini hem de L. garvieae’yi tek bir reaksiyon içerisinde başarılı ve hatasız bir şekilde ayırt edebildiği kanıtlandı. Sonuç olarak; L. garvieae ve hareketli Aeromonas türlerinin Karkamış Baraj Gölü’ndeki yetiştiricilik faaliyetlerine zarar veren temel etkenler olduğu tespit edildi. Tanı süreçlerinde multipleks PCR kullanımının, konvansiyonel biyokimyasal testlerin sınırlamalarını aşarak hızlı ve doğru teşhis imkânı sunduğu, antibiyotik seçimi ve koruma-kontrol tedbirlerinin ivedilikle alınması açısından kritik bir diyagnostik araç olduğu sonucuna varıldı.