TÜRKİYE’DE YAYILIŞ GÖSTEREN PİNUS TÜRLERİNE ÖZGÜ BİR DNA İZOLASYON PROTOKOLÜ GELİŞTİRİLMESİ

Abstract

Bu tezde, farklı Pinus türlerinden yüksek verimli ve kaliteli DNA izolasyonu gerçekleştirmek amacıyla optimize edilmiş bir protokol geliştirilmiştir. Çalışmada, Türkiye'nin doğal habitatında bulunan beş ana Pinus türü (Pinus brutia, Pinus nigra, Pinus sylvestris, Pinus halepensis ve Pinus pinea) ile Türkiye dışı orijinli iki tür (Pinus pinaster ve Pinus radiata) ele alınmıştır. İzole edilen DNA örneklerinin verimi ve kalitesi spektrofotometrik yöntemlerle değerlendirilmiş ve türler arasındaki farklılıklar istatistiksel analizlerle incelenmiştir. Shapiro-Wilk normallik testi sonucunda verilerin normal dağılım göstermediği belirlenmiş ve non-parametrik analiz yöntemleri kullanılmıştır. Kruskal-Wallis testi ve Dunn-Bonferroni post-hoc testi sonuçları, türler arasında DNA verimi ve kalitesi açısından istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar olduğunu ortaya koymuştur. Elde edilen DNA örneklerinin bütünlüğü agaroz jel elektroforezi ile değerlendirilmiş ve yüksek moleküler ağırlıklı, intakt DNA bantları elde edilmiştir. Ayrıca, PCR amplifikasyonları başarılı bir şekilde gerçekleştirilmiş ve amplikonlar jel elektroforezi ile doğrulanmıştır. İzole edilen DNA örnekleri, dizilemeiçin uygunluk göstermiş ve sekanslama sonuçları başarılı bir şekilde elde edilmiştir. Bu bulgular, optimize edilmiş protokolün hem geleneksel moleküler tekniklerde hem de ileri düzey genetik analizlerde etkin bir şekilde kullanılabileceğini göstermektedir. Protokolün uygulama süresinin kısa olması (yaklaşık 65 dakika) ve düşük maliyeti (örnek başına yaklaşık 0,05 ABD doları) önemli avantajlar sağlamaktadır. Ticari kitlerle karşılaştırıldığında maliyet etkinliği ve farklı Pinus türlerinde tutarlı sonuçlar vermesi, protokolün geniş çaplı genetik ve moleküler biyoloji çalışmalarında tercih edilebilirliğini artırmaktadır. Ayrıca, protokolün farklı bitki türleri ve dokularında uygulanabilirliğinin araştırılması, gelecekteki çalışmalar için önerilmektedir.