HIV ve Kaposi Sarkoma hastalığında mikroarray ile SNP (tek nükleotid polimorfizmi) analizi / SNP (single nucleotide polymorphism) analises with microarray in hiv and Kaposi's Sarcoma patient

Abstract

Bu çalışma HIV virüslü olup Kaposi Sarkoma (HIV+) hastalığını taşıyan ve HIV virüslü olup Kaposi Sarkoma hastalığını taşımayan bireyler arasındaki SNP farklılıklarını belirlemek amacıyla 2017 yılında laboratuvar koşullarında gerçekleşmiştir. Harran Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Enfeksiyon polinikliğinde teşhisi konulan bireylerden alınan kan örnekleriyle çalışma gerçekleştirilmiştir. Hastalardan ve kontrol bireyinden alınan kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılmış ve bu DNA'lardan mikroarray sistemiyle SNP analizi gerçekleştirilmiştir. Yaptığımız çalışma sonucunda 204 000 tane SNP taranmış ve bunlardan 32.362 tane SNP'in Kontrol [KS (-) ve HIV (-)] ve HIV+ [KS(-)] grupta aynı allel olduğu fakat Kaposi Sarkoma [KS(+) ve HIV(+)] hastasında farklı allel olduğu görülmüştür. Farklılık olan bu SNP'lerden 16 tanesinin daha önce yapılan çalışmalarla Kaposi Sarkoma [KS(+) ve HIV(+)] ile bağlantılı bulunan genler içerisinde yer aldığını belirlenmiştir. This study was conducted in laboratory conditions in 2017 to determine the SNP differences between HIV-infected individuals carrying Kaposi's Sarcoma (HIV +) disease and HIV-infected individuals who did not have Kaposi's sarcoma disease. This study was carried out with blood samples taken from individuals diagnosed at the Harran University Research and Practice Hospital Infection Clinic. DNA was isolated from blood samples taken from patients and control individual, and SNP analysis was carried out using microarray system from these DNAs. As a result of our work 204 000 SNP screened, and 32 362 of these units SNPs controls [KS (-) and HIV (-)] and HIV+ [KS (-)] are the same allele group but Kaposi's Sarcoma [KS(+) and HIV(+)] was found to be different alleles in the patient. We determined that 16 of these SNPs with differences were included in the genes associated with Kaposi's sarcoma [KS(+) and HIV(+)] in previous studies.