Şanlıurfa yöresindeki küçükbaş hayvanların filogenetik yapılarının moleküler tekniklerle belirlenmesi çalışmaları / Studies on phylogenetic profiles of small ruminant animals in Sanliurfa region using molecular techniques

Abstract

Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresindeki küçükbaş hayvanların filogenetik yapıları moleküler tekniklerle belirlenmeye çalışılmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini, Şanlıurfa ve yöresinde yetiştirilen Akkaraman (AK) ve İvesi (IV) koyunları ile Kıl (KL) ve Kilis (KS) keçi ırkları oluşturmuştur. Koyun ve keçilerden genomik DNA izolasyonu için kıl örnekleri toplanmış ve tüm örneklerden genomik DNA izole edilmiştir. Koyun ve keçi DNA örneklerinde mitokondriyal D-loop bölgesi, 12S rRNA ve Sitokrom b (Cyt b) gen bölgelerini çoğaltmak için gerekli ileri ve geri primerler tasarlanmıştır. Koyun ve keçi 12S rRNA, Cyt b ve D-loop gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu tekniği (PZR) ile çoğaltılmıştır. PZR ürünlerinin gen dizi bilgileri elde edilmiştir. Populasyonlar için toplam bölge sayısı, G+C oranı, polimorfik bölge sayısı (S), haplotip sayısı (h), haplotip farklılığı (Hd) ve nükleotid farklılığı (?) değerleri hesaplanmıştır. Bu çalışmadaki keçi haplotiplerin D-loop dizileri ve referans dizi (A, B, C, D, F ve G soyları için) ile birlikte oluşturulan Neighbor-Joining (N-J) filogenetik ağaçta, 31 haplotipin, 29'u A soyunda, 2'si (KL05 ve KS16) G soyunda yer almıştır. Bununla beraber Kıl ve Kilis keçilerinde G soyunun varlığı ilk kez bu çalışmada tespit edilmiştir. Koyun haplotiplere ait Cyt b gen dizileri ile referans diziler (A, B, C, D, ve E soyları) birlikte oluşturulan N-J filogenetik ağaçta, 16 haplotipten, 6'sı B soyunda (IV01, AK13, AK09, IV06, AK16, IV05), 1'i A soyunda (IV12), 1'i E soyunda (AK04) 5'i C soyunda (AK12, AK02, IV16, AK01, IV08, IV03) yer almış, AK06 ve IV13 farklı kümelenmiştir. Koyun haplotiplere ait D-loop diziler ile referans dizilerle birlikte oluşturulan N-J filogenetik ağaçta, 27 haplotipten, 9'u B soyunda (IV14, IV08, AK04, AK06, IV13, IV06, IV02, IV07, IV01), 9'u A soyunda (IV16, AK07, AK15, IV12, IV09, IV05, IV03, IV11, AK14), 7'si C soyunda (AK02, IV04, AK05, IV10, AK11, IV15, AK01) yer almıştır. AK03 ve AK09 ise birlikte diğer gruplardan ayrılmıştır ve sadece E grubu ile yakınlaşmıştır. Benzer şekilde AK14 koyunu filogenetik ağaçta A grubuna yakınlaşmıştır. Sonuç olarak, Şanlıurfa yöresi Akkaraman ve İvesi koyunları ile Kıl ve Kilis keçilerinde; 12S rRNA, Sitokrom b, D-loop bölgesi gen dizileri belirlenmiştir. Gen dizi bilgilerine göre koyun ve keçileride mtDNA polimorfizmi, mtDNA haplotipleri ve haplogrupları (soylar), haplotipler ve yabani türler arasında filogenetik ilişkiler belirlenmiştir.